El Roque está constituido por materiales basálticos antiguos procedentes del Ciclo I, aunque de las últimas emisiones de este ciclo proviene la formación fonolítica, presente en este espacio natural protegido como colada fonolítica en la cima del propio Roque Aguayro. Tras el Ciclo I y un largo período de inactividad volcánica (casi 5 millones de años) se produjeron las primeras emisiones desde el sur y suroeste de la isla, perteneciente al Ciclo Roque Nublo. Posteriormente, en el Plioceno, comienzan las emisiones del Ciclo Post Roque Nublo, con emisiones significativas en el norte y centro de la isla, teniendo una elevada representatividad en el área que nos ocupa.
Las morfologías reconocibles en el territorio responden a la dinámica erosiva desde el Mioceno, desmantelando los materiales del Ciclo I. De esta forma encontramos superficies de coladas muy degradadas, relieves residuales tipo mesa, colusiones o depósitos de vertiente y terrazas y barrancos de origen aluvial-torrencial.